微波杀菌一般用于食品和药品的杀菌，特别是包装食品杀菌。简单地说微波杀菌、保鲜是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，传统的高温灭菌锅由于杀菌温度高，杀菌时间长往往会改变食品的口感，特别是一些要求有一定的脆度的产品，经过高温灭菌后都没有嚼性。通过微波干燥、杀菌处理的食品的保质期可延长3~8倍，不破坏原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。与其它干燥、杀菌、解冻设备相比，可缩小占地面积、降低能耗30%~100%。而且不生产“三废”污染。